Trente et sept ans après son sacre, le roi Aegon décéda. La Foi s’opposa à l’accession au pouvoir de son fils Aenys, fruit de l’union incestueuse du souverain et de sa soeur Rhaenys, irrémissible pêché aux yeux des Sept. Aenys prit tout de même le trône ; la Foi Militante entra en rébellion ; le spectre de la guerre civile étendit ses ailes de cendre et de sang au-dessus du royaume.
Les deux ordres sacrés de la Foi, les Fils du Guerrier et les Pauvres Compagnons, prirent la tête de la révolte afin de détrôner Aenys. Celui-ci, être chétif et irrésolu, affaiblit le pouvoir des Targaryens. La charge de protéger la dynastie royale s’abattit sur les épaules solides de son demi-frère, Maegor, qui officiait alors en tant que Main du roi.
Aenys mourut au terme de cinq années de conflit. En l’an 42, Maegor lui succéda et usa de grande brutalité pour mater la rébellion : les ordres de la Foi militante furent proscrits et un dragon d’Or offert pour tout scalp de Fils du Guerrier (un cerf d’argent pour tout scalp de Pauvre Compagnon). Le conflit dura pendant les 6 années de son règne.
Maegor eut plusieurs femmes qu’il fit exécuter pour leur incapacité à lui donner des héritiers. Il termina la construction du Donjon Rouge, à l’intérieur duquel il construisit une deuxième forteresse : “La Citadelle de Maegor”. Il y fit emmurer les ouvriers afin de garder secrète la connaissance des différents passages secrets. Il fit exécuter, enfin, trois de ses Grands Mestres pour trahison. Toutes ses actions lui valurent le surnom de “Le Cruel”, mais force est de reconnaître que, quelque fût l’état de ses vertus, il parvint à consolider l’emprise des Targaryens sur le pouvoir.
A sa mort, quarante et huit ans après le couronnement d’Aegon, le conflit avec la Foi n’était toujours pas terminé et menaçait d’empirer. L’accession au trône de son neveu Jaehaerys marqua la fin du conflit. Le nouveau roi réussit à négocier la paix avec la Foi et y gagna le surnom de Conciliateur.
L’accord entre le trône de Fer et la Foi fut réalisé selon les termes suivants :
Les Targaryens sortirent vainqueurs du conflit avec la Foi qui y perdit son indépendance et son mot à dire dans les affaires du royaume. Le règne de Jaehaerys, qui dura près de six décennies, fut marqué par une longue période de paix pour les sept royaumes.